第一步，确定是否是间质瘤？
间质瘤是：胃肠道间质干细胞的肿瘤，是胃肠道少见的肿瘤。它的细胞特征是：梭形细胞型和上皮样细胞型。
它的免疫组化，实用的种类和其基本特征是：CD（+），CD34（+，—），DOG-1(+)，SMA,DES()NES()，S-(-)，KI67（+），核分裂数（个/50HPF）。
备注：当女性《25岁，男性《25岁。CD(-),S-(+),KI67与核分裂数矛盾数值，有其一的，病理再会诊是非常必要的。
它的基因检测基本特征是：C-KIT基因异常，导致其外显子9、11、13、17，等，其一或者其二产生突变。或者是PDGFR基因异常，导致其外显子12、18，等，其一产生突变。
备注：该基因检测是确定是否间质瘤的重要的标准，平滑肌瘤，平滑肌肉瘤，其它肿瘤的都有。
第二步，区分间质瘤的良性与恶性？
是良性间质瘤的，手术是完全能够“根治”的（十年生存率）。
是交界性间质瘤的，手术是基本能够“根治”的（十年生存率）。
是低度恶性以上间质瘤的，手术是不能够根治的，需要服用相关的药物进行控制。
第三步，区分间质瘤的恶性程度到底怎样？
区分肿瘤的恶性程度要根据以下情况才能有完全的，正确诊断：
1、手术前的症状。
2、手术时的目睹所见以及手术记录：肿瘤的原发性破裂和医源性破裂，肿瘤与周围器官组织黏连的程度，切除是否干净。
3、手术后的病理报告表示：肿瘤形态学：包括肿瘤的大小，数量，部位，黏连程度；细胞形态学：包括肿瘤细胞的浸润程度，癌栓，核分裂数。
4、C-KIT，基因检测和PDGFR基因检测的结果进行分析恶性程度:重复性突变，点突变，杂合性突变，纯合性突变。
5、正确地诊断和鉴定的病理报告，非常重要和关键。医院不能达到完美的病理诊断。
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