肠胃道间质瘤的预后情形以肿瘤大小、生长位置及肿瘤细胞有丝分裂数来做决定，可分成非常低危险（verylowrisk）、低危险（lowrisk）、中度危险（intermediaterisk）以及高度危险（highrisk）等四族群。
肿瘤位置在胃部预后（治疗效果）最好，小肠(含十二指肠、空肠、回肠)、大肠较差，腹膜腔最不好。但即便属于较低危险族群病患还是有复发、转移的可能。
肠胃道间质瘤是治愈率很高的癌症，治疗前,医师都会先评估病人的身体状况,包括：年纪、营养状况、心、肺、肝、肾等重要器官功能、肿瘤是否多发性，而给予适当的治疗。治疗后，记得必须终生配合医师嘱咐，每3～6个月定期超音波或计算机断层检查，必要时还可自费做全身正子摄影检查。
长期且按时用药非常重要，不可随便停药或减量，以免病情加剧，肿瘤复发、转移而不可收拾.若有药物引起的副作用,应该与主治医师讨论进一步的治疗方式。曾有个70岁左右的女病患，在服用标靶药物期间，因开刀治疗脊椎病变而停药近半年，结果发生肝脏多处转移，虽经积极救治最后仍不幸逝世。
医学的进步，开启个人化医疗时代的来临，医师呼吁癌症病人，虽然罹患同样病名的癌症，但也会因体质的不同、基因突变差异而有不同的治疗反应，预后情形也会有所不同。只要保持乐观的态度，与主治医师沟通配合，并积极接受治疗，逆转癌病以悠游彩色人生，绝对是有可能的!
来源：体检百科
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