肠道菌群失调以严重腹泻或慢性腹泻为主要临床表现，是肠道正常生理组合被破坏，而产生病理性组合。
对于肠道菌群失调症，婴幼儿发病为成人的3—10倍，全身衰竭、营养障碍和维生素缺乏、广谱抗生素的长期应用、急性感染、激素治疗、X线照射及大面积烧伤等为肠道菌群失调症的发病诱因。肠道菌群失调听起来并不像癌症那么可怕，但它却是引发许多慢性病的根源。
根据美国的意向研究发现，新生儿第一个月的肠道微生物可能会直接影响到之后免疫系统的发展，导致儿童史前的过敏和哮喘风险更高。这项研究强调了开展早起干预措施，以提高新生儿微生物生态健康的重要性。该研究表明，一些微生物生态系统紊乱的婴儿体内会产生某些分子，它们使一些重要的免疫细胞丰度（单位体积内细胞个数的值）降低，而这些细胞是有助于预防过敏的。由此推测，这些细胞的减少将使免疫系统过度激活，最终导致肺部慢性哮喘炎症。
儿童通常是在六七岁被诊断为哮喘，此时已经无法治愈，只能通过药物控制。想要预防这些疾病的发展，需要在早期就进行干预。
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