影响胃肠道的疾病有很多。呕吐或腹泻的症状常见于胃肠道疾病。反流（即胃中的液体、黏液和未消化的食物从食道毫不费力地排出）在食道疾病中很常见。一些常见的胃肠道疾病包括：
1.胃肠道的先天性缺陷。这可能包括：吞咽缺陷或食道运动缺陷，即无法正常地消化食物，或无法正常地排便。
2.感染性病原体疾病。这包括：细菌感染、病毒感染、真菌和原生生物感染，以及肠道寄生虫感染，这些在猫和狗身上都很常见。不同的感染往往涉及胃肠道的不同部分。
3.炎症。胃肠道的任何区域都可能会发生各种炎症，比如：口腔炎、食道炎、胃炎、肠炎、结肠炎、直肠炎等等。这些类型的炎症可以是急性的，也可以是慢性的。
4.炎症性肠病（IBD）是一种微浸润的小肠壁炎症细胞疾病。它被认为与对环境刺激的异常免疫反应有关，如果这种反应持续下去，就会产生一种自我延续的炎症，从而导致重症疾病。
5.肠套叠。这也是一种猫狗的常见疾病，它们通常与寄生虫、异物、肿瘤或慢性腹泻有关，通常会影响幼小动物的小肠。
6.由于猫和狗不加选择的饮食习惯，胃肠道卡入异物（如：岩石、衣物）的情况在它们身上很常见。这会导致局部炎症、消化道阻塞，有时还会导致胃肠道穿孔。
7.溃疡性胃肠炎（胃肠道粘膜的中断）可能会继发于炎症、药物副作用、肿瘤或异物。
8.部分胃肠道可能会发生瘫痪。食道瘫痪会导致食道粗大，这被称为巨食道症，这种情况下，食物和水会倒流。胃麻痹会导致胃排空延迟。肠麻痹又被称为肠梗阻。结肠麻痹会导致结肠扩大（巨结肠症）和便秘。
9.消化异常或吸收异常。这种异常的问题最常出现在小肠里。这又被称为消化不良和吸收不良。相关的疾病会导致营养过度流失并进入肠道，然后通过粪便排出体外。
10.创伤可以发生在胃肠道的不同部分。食道创伤最常发生于颈部的咬伤。肠子可能因钝性腹部创伤（如车祸、高空坠落、踢伤）或穿透性创伤（如咬伤、枪伤、箭伤、落在利器上）而受损。骨盆和尾部的创伤可能会直接影响到直肠和肛管。
11.肿瘤可以在整个肠道的任何地方生长。不同的肿瘤会出现在不同的区域，因为每个区域的细胞类型都是独特的。胃肠道肿瘤有良性和恶性之分。它们可以生长到呼吸道的腔内，可以累及呼吸道的壁或周围的软组织。
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